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91590游戏在线登录:植物生物信息学学科组

植物生物信息学课题组主要以特色农业资源植物为研究对象,以生物大数据为材料,针对植物基因组学分析的技术瓶颈和科学问题,开发和利用基于数学建模、统计分析、机器学习和人工智能等理论和方法的生物信息学工具和软件,开展特色农业资源植物重要农艺性状的形成机理和生长发育调控机制研究,阐明特色农业资源植物优质高产高抗的分子调控机制,为特色高值农业种质创新和遗传育种提供重要理论支持。相关研究成果在Nucleic Acids Research、Bioinformatics、PNAS、Nature Chemical Biology、Plant Biotechnology Journal、Journal of Experimental Botany、Plants、BMC Plant Biology等国际期刊上。学科组目前主持承担项目10余项,已发表SCI论文40余篇。


研究组长

  姓   名 张秀军 学   历 博士
职   称 青年研究员 职   务 博士生导师, PI
通讯地址 武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号
邮政编码 430074 电子邮箱 zhangxj@wbgcas.cn
姓 名: 张秀军
学 历: 博士
职 称: 研究员
职 务: 博士生导师,PI
通讯地址: 武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号
邮政编码: 430074
电子邮箱: zhangxj@wbgcas.cn

简要履历
2009.09-2013.07 上海大学,生物信息学与系统生物学 博士
2011.05-2013.05 法国昂热大学,联合培养博士
2013.09-2014.03 美国加州大学洛杉矶分校,博士后
2014.05-2016.08 新加坡南洋理工大学/新加坡基因组研究所,博士后
2016.08-至今 91590游戏在线登录,课题负责人

研究组科研项目

  • 国家自然科学基金面上项目:基于低温胁迫应答基因调控网络建模的植物抗寒基因挖掘方法研究(张秀军2021-2024)
  • 中央军委国防科技创新特区163计划项目:复杂系统状态转变的动态因果逻辑模型及其生物系统应用 (张秀军2018-2021)
  • 中央军委国防科技创新特区163计划项目:新型因果逻辑模型及基于因果关系的预测研究(张秀军2017-2018)
  • 中国科学院率先行动“百人计划”C类(青年俊才)项目:特色资源植物基因组的生物信息学研究(张秀军2016-2021)
  • 中国科学院重点实验室重点方向培育项目:资源植物重要性状形成的机理解析(张秀军2019-2020)
  • 国家自然科学基金青年项目:基于高通量数据的基因调控网络构建模型和方法研究(张秀军2015-2017)
  • 中国博士后科学基金特别资助项目:基因调控网络预测的降噪去冗余模型和方法研究(张秀军2015-2016)
  • 中国博士后科学基金面上项目:基因基因表达数据的基因调控网络预测方法研究 张秀军2014-2015)
  • 国家自然科学基金青年项目:草鱼雄性特异基因的鉴定与功能的初步研究 (张爱娣 2017-2019)

研究组代表成果

代表性论文:
  1. Aidi Zhang, Hui Zhou, Xiaohan Jiang, Yuepeng Han, Xiujun Zhang. The draft genome of a flat peach (Prunus persica L. cv.‘124 Pan’) provides insights into its good fruit flavor traits. Plants, 10(3), 538, 2021.
  2. Wang, Tengfei, Xiujun Zhang. Genome-wide dynamic network analysis reveals the potential genes for MeJA-induced growth-to-defense transition. BMC Plant Biology, 21(1): 1-13, 2021.
  3. Zhiyu Deng, Jinming Zhang, Junya Li, Xiujun Zhang. Application of deep learning in plant–microbiota association analysis. Frontiers in Genetics, 12, 2021.
  4. Aidi Zhang, Yuhong Xiong, Jing Fang, Xiaohan Jiang, Tengfei Wang, Kangchen Liu, Huixiang Peng, Xiujun Zhang. Diversity and functional evolution of terpene synthases in rosaceae. Plants, 11(6):736, 2022.
  5. Jing Fang, Xiaohan Jiang, Tengfei Wang, Zhiyu Deng, Aidi Zhang, Xiujun Zhang. Dynamic landscape of mitochondrial Cytidine-to-Uridine RNA editing in tobacco (Nicotiana tabacum) shows its tissue specificity. Plant Cell, Tissue and Organ Culture (PCTOC), 148(2), 363-376, 2021.
  6. Yuhong Xiong, Jing Fang, Xiaohan Jiang, Tengfei Wang, Kangchen Liu, Huixiang, Xiujun Zhang, Aidi Zhang. Genome-wide analysis of multiple organellar RNA editing factor (MORF) family in Kiwifruit (Actinidia chinensis) reveals its roles in chloroplast RNA editing and pathogens stress. Plants, 11(2), 146, 2022.
  7. Jing Fang, Xiaohan Jiang,Tengfei Wang, Xiujun Zhang, Aidi Zhang. Tissue-specificity of RNA editing in plant: Analysis of transcripts from three tobacco (Nicotiana tabacum) varieties. Plant Biotechnology Reports, 15(4): 471-482, 2021.
  8. Fuping Zhang, Xiaoping Liu, Aidi Zhang, Zhonglin Jiang, Luonan Chen, Xiujun Zhang. Genome-wide dynamic network analysis reveals a critical transition state of flower development in Arabidopsis. BMC Plant Biology, 19(1), 1-18, 2019.
  9. Aidi Zhang, Xiaohan Jiang, Fuping Zhang, Tengfei Wang, Xiujun Zhang. Dynamic response of RNA editing to temperature in grape by RNA deep sequencing. Functional & Integrative Genomics, 20(3): 421-432, 2020.
  10. Xiujun Zhang,Juan Zhao, Jin-Kao Hao, Xing-Ming Zhao, Luonan Chen. Conditional mutual inclusive information enables accurate quantification of associations in gene regulatory networks. Nucleic Acids Research. 43 (5): e31, 2015.
  11. Juan Zhao, Yiwei Zhou, Xiujun Zhang, Luonan Chen. Part mutual information for quantifying direct associations in networks. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 113(18): 5130-5135, 2016.
  12. Xiujun Zhang, Keqin Liu, Zhi-Ping Liu, Beatrice Duval, Jean-Michel Richer, Xing-Ming Zhao, Jin-Kao Hao, Luonan Chen. NARROMI: a noise and redundancy reduction technique improves accuracy of gene regulatory network inference. Bioinformatics, 29(1): 106-113, 2013.
  13. Xiujun Zhang, Xing-Ming Zhao, Kun He, Le Lu, Yongwei Cao, Jingdong Liu, Jin-Kao Hao, Zhi-Ping Liu, Luonan Chen. Inferring gene regulatory networks from gene expression data by path consistency algorithm based on conditional mutual information. Bioinformatics, 28(1): 98-104, 2012.
  14. Fang Liu, Zhao Yusheng, Sebastian Beier, et al.. Exome association analysis sheds light onto leaf rust (Puccinia triticina) resistance genes currently used in wheat breeding (Triticum aestivum L.). Plant Biotechnology Journal, 18(6), 1396-1408, 2020.
  15. Fang Liu, Yong Jiang, Yusheng Zhao, et al. Haplotype-based genome-wide association increases the predictability of leaf rust (Puccinia triticina) resistance in wheat. Journal of Experimental Botany, 71(22): 6958-6968, 2020.
  姓   名 刘芳 学  历 博士
职   称 条件副研究员 职   务  
通讯地址 武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号
邮政编码 430074 电子邮箱 liufang@wbgcas.cn
姓 名: 刘芳
学 历: 博士
职 称: 条件副研究员
职 务:  
通讯地址: 武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号
邮政编码: 430074
电子邮箱: liufang@wbgcas.cn
简要履历

2022年毕业于德国莱布尼茨植物遗传与作物研究所获博士学位,同年就职于91590游戏在线登录。主要从事生物信息学方法研究,包括全基因组关联分析,全基因组选择或预测,分子标记辅助选择等。目前已在Plant Biotechnology Journal、Journal of Experimental Botany、G3:Genes,Genomes,Genetics、Molecular Biology and Evolution、PNAS等期刊发表SCI论文10余篇。


  姓   名 张爱娣 学  历 博士
职   称 助理研究员 职   务  
通讯地址 武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号
邮政编码 430074 电子邮箱 zhangaidi@wbgcas.cn
姓 名: 张爱娣
学 历: 博士
职 称: 助理研究员
职 务:  
通讯地址: 武汉市东湖新技术开发区九峰一路201号
邮政编码: 430074
电子邮箱: zhangaidi@wbgcas.cn
简要履历

2014年获中国科学院大学(中国科学院昆明动物研究所)理学博士学位,2014年-2016年在中国科学院水生生物研究所从事博士后研究工作,2017年7月就职中科院91590游戏在线登录。主要从事基于大数据的生物信息学分析研究,包括植物RNA编辑的演化与功能、基因家族和基因组变化对植物适应性影响等相关研究。目前已在Plants、iScience、Plant Biotechnology Reports、Plant Biotechnology Journal、BMC Bioinformatics等期刊发表SCI论文21篇,其中以第一作者/通讯作者发表论文11篇;主持国家自然科学基金青年项目1项,参与国家自然科学基金3项。


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